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==== ここはご質問があったので、大枠の話として位置づけます。 ====
現物を買って保管する発想は、目的が混ざると破綻します。国家レベルでは次の二種類に分けます。
# 戦略備蓄（安全保障） エネルギー・食料・重要素材など、「止まると国家稼働率が落ちるもの」を、供給途絶に耐える目的で保有する。 この場合、保管コストは“保険料”です。利益最大化ではなく、国家稼働率の維持が目的です。
# 金融投資（収益目的） コモディティへのエクスポージャー（価格変動の取り込み）を、必ずしも現物保管でやる必要はありません。 現物は、あなたの言う通り、管理費・保険・保管場所・劣化・盗難・鑑定・災害などのコストとテールリスクが大きい。 収益目的なら、金融市場（先物・オプション・長期オフテイク契約・在庫ファイナンス等）で設計した方が、国家としては合理的になりやすい。

あなたが懸念している「大災害時に保険が払われるのか」は、現物保管型の戦略ほど致命傷になりやすいので、国家戦略としては、保険・再保険・資本市場（災害連動）まで含めた“吸収装置”が必要になります。